Hệ thống giáo dục Lý Thái Tổ với sứ mệnh đào tạo thế hệ tương lai của đất nước trở thành những công dân ưu tú, năng động, khỏe về thể chất, mạnh về trí lực, có tinh thần trách nhiệm, giàu lòng nhân ái và có đủ bản lĩnh, tự tin vươn cao, hội nhập toàn cầu.

          Với sứ mệnh đào tạo đó, trường THCS & THPT Lý Thái Tổ hướng tới giáo dục toàn diện học sinh có nền tảng vững chắc về tri thức, tinh thần, thể chất, cảm xúc và kĩ năng. Mỗi học sinh đều có cơ hội nhận được sự khởi đầu tốt nhất để phát triển tối đa tiềm năng của mình.

          Chương trình giáo dục toàn diện tập trung vào các nội dung:

1. Đạo đức

- Nhà trường luôn chú trọng đào tạo học sinh có tinh thần trách nhiệm, giàu lòng nhân ái, có sự đồng cảm, sẻ chia, thân thiện và hòa đồng với mọi người xung quanh, có lòng trung thực,...

- Để giáo dục đạo đức cho học sinh, nhà trường đã triển khai đồng bộ hai phương thức giáo dục chủ yếu, đó là: Giáo dục thông qua các môn học và giáo dục thông qua các hoạt động (bao gồm cả hoạt động giáo dục trong và ngoài nhà trường, hoạt động giáo dục trải nghiệm và hướng nghiệp, hoạt động giáo dục theo chủ đề, sinh hoạt câu lạc bộ,…).

2. Trí tuệ

- Với tiêu chí lấy học sinh làm trung tâm của hoạt động giáo dục đào tạo, nhà trường luôn hỗ trợ học sinh xây dựng chiến lược học tập thông qua việc hướng dẫn học sinh phương pháp học hiệu quả; tổ chức học tập theo chủ điểm và sử dụng kiến thức đã học trong việc giải quyết vấn đề.

- Luôn khuyến khích học sinh trước giờ lên lớp cần chủ động tìm hiểu thông tin bài học, chuẩn bị tài liệu – câu hỏi để chủ động tham gia vào bài học; tăng cường các hoạt động như thuyết trình, làm việc nhóm, làm mô hình học tập, trợ giảng, hoạt động ngoại khoá…,để chuyển hoá kiến thức chung thành “hiểu biết của cá nhân”; khuyến khích tư duy phân tích độc lập, phản biện, phát triển kỹ năng mềm song song với nội dung bài học.

3. Thể chất

- Một trong những yếu tố quan trọng trong giáo dục toàn diện của trường THCS & THPT Lý Thái Tổ là thể chất. Khi có sức khỏe tốt, học sinh sẽ có trí lực tốt, tinh thần tốt và luôn sẵn sàng tham gia mọi hoạt động. Chính vì thế, vấn đề rèn luyện thể chất đã được nhà trường đặt lên hàng đầu.

- Chương trình giáo dục thể chất dành cho học sinh được thiết kế linh hoạt, phù hợp, tạo điều kiện phát triển năng khiếu, sở thích của từng học sinh.

- Trường THCS & THPT Lý Thái Tổ chú trọng đầu tư cơ sở vật chất để giúp học sinh có điều kiện rèn luyện thể chất với 01 sân bóng cỏ nhân tạo, 02 sân bóng rổ và 03 sân cầu lông.... Ngoài ra, nhà trường cũng tổ chức các Câu lạc bộ thể dục thể thao giúp nâng cao sức khỏe cho học sinh sau mỗi giờ học như: CLB bóng đá, bóng rổ, cầu lông, cờ vua,...

- Trong suốt năm học, học sinh sẽ được tham gia các hệ thống thi đấu như giải bóng đá nam, nữ; giải đá cầu, cầu lông, cờ vua, bơi,... Với những học sinh có tố chất, nhà trường tuyển chọn học sinh để tham gia thi đấu giải cấp Quận, Thành phố.

- Có thể nói, học sinh có rất nhiều điều kiện để tham gia rèn luyện sức khỏe phù hợp với nhu cầu, sở thích, năng lực của bản thân; duy trì thói quen tập luyện thường xuyên.

4. Kĩ năng

- Nhà trường luôn chú trọng đào tạo kĩ năng mềm cho học sinh. Các chương trình này được thiết kế, lồng ghép phù hợp với tâm sinh lí lứa tuổi; cung cấp các kiến thức cơ bản theo hướng tăng cường các hoạt động trải nghiệm, rèn luyện các kĩ năng giao tiếp, kĩ năng tự nhận thức bản thân, kĩ năng hợp tác và chia sẻ,...

- Với hơn 20 hoạt động ngoại khóa trải đều trong cả năm học, học sinh có rất nhiều cơ hội để hoạt động, thể hiện bản thân và rèn luyện cho mình những kĩ năng cần thiết; tăng cường phát triển tư duy độc lập, thấu hiểu và khai phá tiềm năng bản thân.

5. Nghệ thuật

- Giáo dục nghệ thuật là một thành tố của giáo dục toàn diện đức – trí - thể - mĩ.  Thông qua giáo dục nghệ thuật, học sinh không chỉ lĩnh hội những kiến thức khoa học mà còn phải phát triển năng lực sáng tạo của cá nhân, bồi đắp năng lực cảm thụ thẩm mĩ,… qua những môn học Nghệ thuật và các câu lạc bộ năng khiếu.

- Nhận thức được tầm quan trọng đó, trường THCS & THPT Lý Thái Tổ ngoài các tiết Nghệ thuật (Âm nhạc, Mĩ thuật) còn tổ chức các hoạt động phong phú, đa dạng nhằm giáo dục nghệ thuật cho học sinh thông qua các hoạt động ngoại khóa, các câu lạc bộ vũ đạo, âm nhạc, hội họa.